Seurakuntaliitoksen myötä seurakuntien hallinto yhdistyi.
Seurakuntien yhdistymissopimuksessa sovittiin, että ylimääräisiä vaaleja ei liitoksen yhteydessä järjestetä, vaan sovittiin, että nykyisen valtuustokauden loppuun Seinäjoen seurakunnan kirkkovaltuustossa istuu neljä kappeliseurakunnan alueelta nimettyä valtuutettua ja kirkkoneuvostossa yksi. Kappeliseurakunnan kappalaisella on lisäksi läsnäolo- ja puheoikeus kirkkoneuvostossa sekä kirkkoneuvoston taloudellisessa jaostossa.

Kappeliseurakunnan toiminnasta vastaa kappelineuvosto, johon kuuluu 10 jäsentä.

Kappeliseurakunnan toiminnan suunnittelussa ja toteuttamisessa ovat viranhaltijoiden tukena eri työaloille nimetyt vastuuryhmät.