Seurakuntaliitoksen myötä seurakuntien hallinto yhdistyi.
Valtuustokaudella 2011-2014 kirkkovaltuustossa istuu kolme Peräseinäjoen kappeliseurakunnan alueelta valittua valtuutettua ja kirkkoneuvostossa yksi. Kappeliseurakunnan johtavalla kappalaisella on lisäksi läsnäolo- ja puheoikeus kirkkoneuvostossa.

Kappeliseurakunnan toiminnasta vastaa kappelineuvosto, johon kuuluu 10 jäsentä.

Kappeliseurakunnan toiminnan suunnittelussa ja toteuttamisessa ovat viranhaltijoiden tukena eri työaloille nimetyt vastuuryhmät.