Naapuriseurakuntiensa tavoin Peräseinäjoki kuului Pohjankyrön ja myöhemmin Ilmajoen emäseurakuntiin. Vuonna 1798 saatiin kappeliseurakunnan oikeudet. Se merkitsi käytännössä omaa kirkkoa ja pappia, mutta yhteys emäseurakuntaan säilyi hallinnollisissa asioissa. Peräseinäjoesta tuli itsenäinen seurakunta 1882.

Peräseinäjoen ja Seinäjoen kuntaliitoksen seurauksena Peräseinäjoen seurakunta liitettiin vuoden 2005 alussa Seinäjoen seurakuntaan ja jatkaa toiminnallisesti itsenäisenä Peräseinäjoen kappeliseurakuntana.

Nykyinen kirkko valmistui vuonna 1892. Kuvassa vanha kirkko vielä ennen purkamistaan uuden vierellä.