Seinäjoen seurakunta perustettiin vuonna 1863. Asukkaita perustamisvuonna oli noin 1500, mistä seurakunta on kasvanut noin 50 000 jäsenen vilkkaaksi ja aktiiviseksi yhteisöksi.
Kirkkohallituksen keväällä 2008 tekemän päätöksen mukaisesti Seinäjoen seurakuntaan liitettiin 1.1.2009 Nurmon ja Ylistaron seurakunnat kappeliseurakuntina. Peräseinäjoen seurakunta liitettiin jo aiemmin, vuonna 2005. Näin ollen puhuttaessa Seinäjoen seurakunnasta tarkoitetaan koko suurta, noin 50 000 asukkaan seurakuntaa.
Tapio Luoma on ollut koko Seinäjoen seurakunnan kirkkoherra 2012 asti, jonka jälkeen hän siirtyi Espoon hiippakunnan piispaksi. Uusi kirkkoherra valitaan keväällä 2012. Siihen asti vt. kirkkoherrana toimii Jukka Salo. Kappeliseurakunnissa on toiminnasta vastaavat johtavat kappalaiset.
Työntekijöitä Seinäjoen seurakunnassa on noin 200. Tämän lisäksi on suuri määrä vapaaehtoisia.
Lähkökohta kaikelle seurakuntatyölle on Jeesus Kristus, joka itse lähetti opetuslapsensa maailmalle, antaen tehtävän: "Menkää siis ja tehkää kaikki kansat minun opetuslapsikseni: kastakaa heitä Isän ja Pojan ja Pyhän Hengen nimeen ja opettakaa heitä noudattamaan kaikkea, mitä minä olen käskenyt teidän noudattaa" (Matt 28: 18-20)
